在犹格索托庭院的地面测绘中，最引人注目的并非那些繁复的花卉或石像，而是回廊系统所呈现出的三重螺旋结构。这种布局并非单纯出于美学考量——每一层回廊的转角处都埋有黑曜石碎片，石块的排列方向指向庭院几何中心之外的一个虚点。研究者称之为“不可见之核”。
根据守夜人世代传述的口诀，真正的庭院心脏位于三重螺旋的第六个切点，但该位置在地表并无对应建筑。2019年的一次地质雷达扫描显示，该处地下3.2米存在一个空洞结构，形状接近于倒置的十二面体。这是否就是古籍中提及的“观星室”入口，至今仍无定论。
庭院中现存石雕共计七十三座，其中六十一座属于可见序列，另外十二座半埋于紫藤丛与常春藤之下。令人困惑的是，这些石雕的基座侧面都刻有相同的符号序列——一种未被破译的线性文字。语言学家指出，该文字可能与古埃兰语存在远亲关系，但缺少关键的中介语料。
更有趣的是，如果将石雕按照庭院中的位置投影到一张平面图上，并用线条连接符号重复率最高的几尊，会得到一个近似于猎户座腰带但多出一颗星的星图。而那多出的一颗星，恰好对应着天球上目前没有任何明亮星体的位置。古代庭院建造者在标记什么？或是在等待什么？
“庭院不是被建造的，是被揭示的。我们只是移走了覆盖在它上面的泥土。” —— 佚名守夜人，刻于东门内侧
庭院下方存在一条天然地下水脉，其流向并非直线，而是沿着回廊的螺旋路径蜿蜒。测量表明，水流在通过不同直径的陶管时会产生频率各异的振动。在特定季节（春分与秋分前后），主庭院的大理石地板会出现肉眼可见的波纹状驻波图案。这种现象被称作“石上涟漪”。
一些研究者认为，庭院本身就是一个巨大的声学装置，地下水的流动被设计用来激活特定频率。如果这个假设成立，那么某些回廊中出现的“幻听”现象——访客报告听到似有若无的吟唱——就可以得到物理层面的解释。不过，依然无法解释的是，为什么不同文化背景的访客所“听到”的旋律截然不同。
庭院中央的日晷与东侧钟楼之间的计时差异，长期以来都是争论焦点。根据连续三年的记录，两者之间的偏差并非恒定，而是以大约37天的周期在正负11分钟之间波动。更奇怪的是，这种波动与太阳黑子活动、地磁指数均无显著相关。唯一与之同步的是庭院中某株古紫藤的开花周期。
2024年，生物学家在紫藤根部发现了一种罕见的共生真菌，该真菌的代谢节律恰好也是37天周期。但目前还没有任何模型能将真菌、日晷偏差与钟楼机械联系起来。庭院似乎在用另一种时钟运行，而我们尚未找到读取它的方法。